겟멧꽃, 갯씀바퀴, 개별꽃, 고깔제비, 골무꽃, 광대나물 등의 다양한 야생화와 괭이갈매기, 동박새, 매 등 209종(국립공원관리공단, 2007년 조류조사 연구 결과 보고서)의 조류들이 서식한다.

홍도에서 발견된 "꼬까울새"는 국내 미기록종이다. 영국과 서부 유럽, 아프리카 북부 등지에서는 흔하게 볼수 있으나, 우리나라에서 관찰된 것은 2006년 3월 홍도에서 처음이다. 몸길이 14㎝ 가량으로 이마와 턱, 가슴이 오렌지색이고 몸 윗면이 흐린 올리브색 기운이 있는 회갈 색을 띠고 있다. 서식지와 멀리 떨어진 홍도에서 발견된 이유에 대해서는 지구온난화 등에 의한 서식지역 확대, 강풍 등 기상 여건에 따른 일시적인 현상 등 여러 가능성이 있으며 좀 더 연구가 필요하다.

2003년부터 지금까지 홍도에서 발견된 국내미기록종은 "꼬까울새"를 비롯 8종으로 흰머리바위딱새, 긴다리사막딱새, 얼룩무늬납부리새, 가면올빼미새,북방쇠개개비, 귤빛지빠귀(사진 없음), 붉은등때까치(그림 시계방향)이다.